Tijela upravljanja Hrvatskog školskog sportskog saveza su:

• Skupština
• Izvršni odbor
• Nadzorni odbor
• Predsjednik

Skupština je najviše upravljačko tijelo HŠSS-a koje upravlja poslovima HŠSS-a, a čine ju po jedan predstavnik udruženih članica, izabranih na način utvrđen aktima članica s tim da županijski školski sportski savez na čijem području djeluje sto (100) ili više škola, ostvaruje pravo na dva predstavnika u Skupštini.

Predstavnici u Skupštini u mandatnom razdoblju 2014. – 2018. su:

Izvršni odbor sastoji se od ukupno devet (9) članova, uključivo Predsjednika i dva Dopredsjednika HŠSS-a s tim da je jedan (1) član Izvršnog odbora predstavnik ministarstva nadležnog za šport kojeg imenuje ministar nadležan za sport.

Članovi Izvršnog odbora u mandatnom razdoblju 2014. – 2018. su:

Nadzorni odbor sastoji se od ukupno tri (3) člana, s tim da je jedan (1) član Nadzornog odbora predstavnik ministarstva nadležnog za sport kojeg imenuje ministar nadležan za sport.

Članovi Nadzornog odbora u mandatnom razdoblju 2014. – 2018. su: